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   可视化 – 不优秀也是一种习惯 | 数螺 | NAUT IDEA
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	           margin-bottom: 20px;
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	        .header p {
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                 var documentClone = document.cloneNode(true);
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  <!-- 1466462523: Accept with keywords: (title(0.0):可视化,习惯, topn(0.5):作者,期刊,图形,置信,函数,颜色,标签,下界,可视化,参数,排序,方法,节点,流水账,置信区间,文档,变量,效果,矩阵,问题,算法,相关矩阵,社团,网络,距离,网络图,梦境,版本,聚类,文本).-->
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   <div class="container">
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     <div class="col-xs-6 col-sm-6 text-left">
      <a href="/databee">
       <img src="http://nautidea-10007657.cos.myqcloud.com/logo_white.png"/>
      </a>
      <a href="/databee">
       <p>
        数螺
       </p>
      </a>
     </div>
     <div class="hidden-xs col-sm-6 text-right">
      <p>
       致力于数据科学的推广和知识传播
      </p>
     </div>
    </div>
   </div>
  </div>
  <div class="container text-center">
   <h1>
    可视化 – 不优秀也是一种习惯
   </h1>
  </div>
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     <header class="fix" id="header">
      <h1 class="blogtitle left">
       <a href="http://blog.cos.name/taiyun">
        不优秀也是一种习惯
       </a>
      </h1>
      <div class="description right">
       苦行僧  流浪汉  造梦师
      </div>
     </header>
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        </form>
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       <ul class="sf-menu">
        <li class="menu-item menu-item-type-custom menu-item-object-custom menu-item-home menu-item-982 dd-tab" id="menu-item-982">
         <a href="http://blog.cos.name/taiyun/">
          Home
         </a>
        </li>
        <li class="menu-item menu-item-type-post_type menu-item-object-page menu-item-928 dd-tab" id="menu-item-928">
         <a href="http://blog.cos.name/taiyun/comments/">
          留言
         </a>
        </li>
        <li class="menu-item menu-item-type-post_type menu-item-object-page menu-item-929 dd-tab" id="menu-item-929">
         <a href="http://blog.cos.name/taiyun/cv/">
          简历
         </a>
        </li>
        <li class="menu-item menu-item-type-custom menu-item-object-custom menu-item-1001 dd-tab" id="menu-item-1001">
         <a href="https://github.com/taiyun">
          GitHub
         </a>
        </li>
       </ul>
      </div>
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     <div id="main-col">
      <div class="hfeed" id="content">
       <article class="full-content post-898 post type-post status-publish format-standard hentry category-visual-analysis tag-visualization tag-64 tag-100 category-4-id post-seq-1 post-parity-odd meta-position-corners fix" id="post-898">
        <header class="post-header title-container fix">
         <div class="title">
          <h2 class="posttitle">
           <a class="entry-title" href="http://blog.cos.name/taiyun/2012/03/03/today/" rel="bookmark" title="今日流水账">
            今日流水账
           </a>
          </h2>
          <div class="postdata fix">
           <span class="category">
            <span class="icon">
            </span>
            <a href="http://blog.cos.name/taiyun/category/visual-analysis/" rel="category tag">
             可视分析
            </a>
           </span>
           <span class="comments">
            <span class="icon">
            </span>
            <a href="http://blog.cos.name/taiyun/2012/03/03/today/#comments">
             31 Responses »
            </a>
           </span>
          </div>
          <!-- /.postdata -->
         </div>
         <!-- /.title -->
         <div class="date">
          <span class="month">
           3月
          </span>
          <span class="day">
           03
          </span>
          <span class="year">
           2012
          </span>
         </div>
        </header>
        <!-- /.title-container -->
        <span class="post-format-icon">
        </span>
        <span class="updated" title="2012-03-03T21:35:38+00:00">
        </span>
        <div class="entry-container fix">
         <div class="entry entry-content fix">
          <p>
           好久不来此地，前晚本站和COS所有站点一并遭遇黑客扫荡，差点被挫骨扬灰，所幸神灵佑护，又起死回生。今儿黄道吉日，记录个流水账，喜庆一下。过些日子准备搬家到GitHub上面去，也算是挥一挥手，告别下wordpress系统。
          </p>
          <p>
           早上醒来，感冒没好，发热发软咳嗽依旧；倒是做了个四重梦境，打破了之前的记录，小小欢喜了一下。近两年我做梦功夫突飞猛进，二重梦境早就不是什么稀奇事情了，三重梦境偶尔也做，今天竟然突破了四重，以后说不定有五重。如果有人研究梦境，我倒很愿意提供个人数据给他。
          </p>
          <p>
           中午和轩锋二人去了
           <a href="http://s-camp.songshuhui.net/2012/02/%E7%A7%91%E5%AD%A6%E6%8A%A5%E9%81%93%E5%B7%A5%E4%BD%9C%E5%9D%8A%E7%AC%AC%E4%BA%94%E6%9C%9F%E6%8A%A5%E5%90%8D%E5%BC%80%E5%A7%8B%EF%BC%9A%E5%88%AB%E8%AE%A9%E6%95%B0%E5%AD%97%E5%90%93%E5%80%92%E4%BD%A0/" target="_blank">
            科学传播训练营
           </a>
           ，讲了一下《会说话的统计图形》，
           <a href="https://skydrive.live.com/?cid=13ee29e4ac480566&amp;id=13EE29E4AC480566%21260" target="_blank">
            幻灯片点击这里查看下载
           </a>
           。听众(几乎都是记者、编辑)对图形还是比较感兴趣的，尤其是
           <a href="http://www.gapminder.org/world/" target="_blank">
            这个动画
           </a>
           以及下面这张图；不过据主办方透漏，貌似很多人没听懂。
          </p>
          <p>
           下面是我设计的图，基于高频意境词算出作者之间的皮尔逊关系系数，然后系统聚类加黑框以示区别。这张图之所以大家觉得好玩，可能金庸也贡献了不少力量:)
          </p>
          <div class="wp-caption aligncenter" id="attachment_899" style="width: 763px">
           <a href="http://fun.r-forge.r-project.org/taiyun/blog/uploads//2012/03/poem.png">
            <img src="http://fun.r-forge.r-project.org/taiyun/blog/uploads//2012/03/poem.png"/>
           </a>
           <p class="wp-caption-text">
            16位词人的风格关系图
           </p>
          </div>
          <p>
           目前，corrplot的一个网页介绍见此：
           <a href="http://rpubs.com/cloud_wei/2107" target="_blank">
            http://rpubs.com/cloud_wei/2107
           </a>
          </p>
          <p>
           晚上我们三以及晚一点来的堰平师兄、熊熹师姐去附近腐败了一把，花了中午报告酬劳的一半，谈天说地，吃得不亦乐乎！
          </p>
          <p>
           此外，上了6个灌汤包，一人一个之后还剩下了一个，我们就用二进制思想，设计了连抛 3次硬币的随机试验，可以得到1/8概率的东西，弃掉三个事件(如果产生了000、110、111发生了就重抛，分别对应10进制数字0、6、7)，就可得到1/5概率的随机事件发生器。所幸只抛了一次，就分配好了最后的一个包子(师姐中奖了)。
          </p>
          <p>
           再此外，师姐还乘机和知名网友拍了张亲密照片；不过我一点也不羡慕嫉妒恨，因为我早有了，而且不止一张~
          </p>
          <p>
           最后也最重要的是，今天还是肖楠同学的生日：生日快乐！
          </p>
         </div>
         <!--entry -->
        </div>
        <!-- .entry-container -->
        <footer class="post-footer postdata fix">
         <span class="author">
          <span class="icon">
          </span>
          Posted by
          <span class="vcard">
           <a class="url fn" href="http://blog.cos.name/taiyun/author/taiyun/" rel="author">
            taiyun
           </a>
          </span>
          at 21:35
         </span>
         <span class="tags tax">
          <span class="icon">
          </span>
          Tagged with:
          <a href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/visualization/" rel="tag">
           可视化
          </a>
          ,
          <a href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/%e5%a4%9a%e9%87%8d%e6%a2%a6%e5%a2%83/" rel="tag">
           多重梦境
          </a>
          ,
          <a href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/%e8%af%97%e8%af%8d/" rel="tag">
           诗词
          </a>
         </span>
        </footer>
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       </article>
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       <article class="full-content post-868 post type-post status-publish format-standard hentry category-r category-visual-analysis category-life tag-corrplot tag-cran tag-git tag-github tag-r tag-visualization category-3-id category-4-id category-11-id post-seq-2 post-parity-even meta-position-corners fix" id="post-868">
        <header class="post-header title-container fix">
         <div class="title">
          <h2 class="posttitle">
           <a class="entry-title" href="http://blog.cos.name/taiyun/2011/12/09/corrplot-update-to-0-60/" rel="bookmark" title="中小矩阵的可视化: corrplot 更新至 0.60">
            中小矩阵的可视化: corrplot 更新至 0.60
           </a>
          </h2>
          <div class="postdata fix">
           <span class="category">
            <span class="icon">
            </span>
            <a href="http://blog.cos.name/taiyun/category/r/" rel="category tag">
             R
            </a>
            ,
            <a href="http://blog.cos.name/taiyun/category/visual-analysis/" rel="category tag">
             可视分析
            </a>
            ,
            <a href="http://blog.cos.name/taiyun/category/life/" rel="category tag">
             生活娱乐
            </a>
           </span>
           <span class="comments">
            <span class="icon">
            </span>
            <a href="http://blog.cos.name/taiyun/2011/12/09/corrplot-update-to-0-60/#comments">
             5 Responses »
            </a>
           </span>
          </div>
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         </div>
         <!-- /.title -->
         <div class="date">
          <span class="month">
           12月
          </span>
          <span class="day">
           09
          </span>
          <span class="year">
           2011
          </span>
         </div>
        </header>
        <!-- /.title-container -->
        <span class="post-format-icon">
        </span>
        <span class="updated" title="2011-12-09T00:11:19+00:00">
        </span>
        <div class="entry-container fix">
         <div class="entry entry-content fix">
          <p>
           最近更新了两次corrplot包，最新的
           <a href="http://cran.r-project.org/web/packages/corrplot/" target="_blank">
            0.60版本
           </a>
           较之前的0.40进步较多。之所以取名为0.60版本，意味着此包的自评分终于上了60的及格分数，也有可能是这个包的最终版本。corrplot的应用范围很明确，就是中小矩阵 (&lt;100*100) 的可视化，尤其是中小相关矩阵、距离矩阵、相似度矩阵等。
          </p>
          <p>
           本次主要变动如下：
          </p>
          <ol>
           <li>
            彻底解决了空白边距过大问题(尤其在文本标签较长时候)，这个是个历史遗留问题，之前的方法比较原始简陋，已经有好多人发邮件投诉了(要不我也没动力更改)；现在迭代来计算strwidth直至收敛，可以精确计算文本的长宽度了。控制文本大小的参数 tl.cex 也更精准了。
           </li>
           <li>
            修订了参数名称和帮助文档，之前的参数取名、帮助文档太随意了。比如”PCA”排序就会让人错觉以为是第一主成分，目前更改成了更为妥当的”AOE”，是angular order of the eigenvectors的意思，具体参见文档。而第一主成分用”FPC”来表示了；此外，从效果来看，”AOE”排序结果一般都比”FPC”要好。提到矩阵排序，seriation包已经很NB了，更多方法可以参见此包。PS： 作者之一
            <a href="http://www.ci.tuwien.ac.at/~hornik/" target="_blank">
             Kurt Hornik
            </a>
            是R Core之一，是CRAN的主要维护人，每天都要check、答复新进来的包，德艺双馨、产出惊人，是绝对的教授中的战斗兽。
           </li>
           <li>
            增加了zoom参数，来放缩原矩阵，使之可以轻松地应用到非[-1,1] 的矩阵；同时增加了参数cl.lim，使得颜色轴标签上只显示需要展示的部分。当然，此时颜色轴上的标签也会和缩放前的一样。
           </li>
           <li>
            增加了横轴文本标签的旋转角度参数tl.srt，这个我虽不喜欢，但有人希望加这个方便阅读。总结来看，corrplot的每次更新都是有人发邮件说需要这样那样的功能……
           </li>
           <li>
            增加、删除了一些函数。主要是加了corrMatOrder() 和corrplot.mixed () 函数来做矩阵排序和混合可视工作。删除了corrplot.*()系列不那么常用的函数。
           </li>
           <li>
            进一步优化了代码并谨慎地选择了各个参数的默认值。虽然这个没有什么技术难度，但因为涉及到的很多都是绘图，审美之类的对我这种时常喜欢纠结的土人实在很麻烦…… 其实，更新最多的时间竟然花在了默认参数的选择之上，这个可能和我的星座有关！！
           </li>
          </ol>
          <p>
           可视化是数据&amp;模型&amp;结果的美学展示，其中在图形展示这一块主观性较强，因此corrplot很注重各个细节，提供了很多选项让大家自己选择。但就因为这这样，corrplot函数的参数多达43+个，显得很累赘。这就是所谓的双刃剑吧。
          </p>
          <p>
           此外，为了体验GitHub，我把corrplot主页从Rforge上迁移到了GitHub：
           <a href="https://github.com/taiyun/corrplot" target="_blank">
            https://github.com/taiyun/corrplot
           </a>
           如果有什么问题或者新的需求请到
           <a href="https://github.com/taiyun/corrplot/issues" target="_blank">
            Issues
           </a>
           那里提出。
          </p>
          <p>
           再此外，我把R与最优化的文档也放在GitHub上了:
           <a href="https://github.com/taiyun/Optimization-using-R" target="_blank">
            https://github.com/taiyun/Optimization-using-R
           </a>
           ,我自己近来空闲时间很少了，希望感兴趣的同学能对这份文档增删添补，以方便大家快速、便捷地查阅、使用。
          </p>
          <p>
           为了使得本博文不那么呆板，文末以图会友吧：
          </p>
          <p style="text-align: center">
           <a href="http://fun.r-forge.r-project.org/taiyun/blog/uploads//2011/12/corr.png">
            <img src="http://fun.r-forge.r-project.org/taiyun/blog/uploads//2011/12/corr.png"/>
           </a>
          </p>
         </div>
         <!--entry -->
        </div>
        <!-- .entry-container -->
        <footer class="post-footer postdata fix">
         <span class="author">
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          </span>
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           <a class="url fn" href="http://blog.cos.name/taiyun/author/taiyun/" rel="author">
            taiyun
           </a>
          </span>
          at 00:11
         </span>
         <span class="tags tax">
          <span class="icon">
          </span>
          Tagged with:
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           corrplot
          </a>
          ,
          <a href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/cran/" rel="tag">
           cran
          </a>
          ,
          <a href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/git/" rel="tag">
           Git
          </a>
          ,
          <a href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/github/" rel="tag">
           GitHub
          </a>
          ,
          <a href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/r/" rel="tag">
           R
          </a>
          ,
          <a href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/visualization/" rel="tag">
           可视化
          </a>
         </span>
        </footer>
        <!-- .post-footer -->
       </article>
       <!--post -->
       <article class="full-content post-633 post type-post status-publish format-standard hentry category-r category-visual-analysis tag-animation tag-ci tag-corrplot tag-r tag-visualization tag-82 category-3-id category-4-id post-seq-3 post-parity-odd meta-position-corners fix" id="post-633">
        <header class="post-header title-container fix">
         <div class="title">
          <h2 class="posttitle">
           <a class="entry-title" href="http://blog.cos.name/taiyun/2010/05/29/visualization-of-ci-in-correlation-matrix/" rel="bookmark" title="相关矩阵中置信区间之涂鸦">
            相关矩阵中置信区间之涂鸦
           </a>
          </h2>
          <div class="postdata fix">
           <span class="category">
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            </span>
            <a href="http://blog.cos.name/taiyun/category/r/" rel="category tag">
             R
            </a>
            ,
            <a href="http://blog.cos.name/taiyun/category/visual-analysis/" rel="category tag">
             可视分析
            </a>
           </span>
           <span class="comments">
            <span class="icon">
            </span>
            <a href="http://blog.cos.name/taiyun/2010/05/29/visualization-of-ci-in-correlation-matrix/#comments">
             11 Responses »
            </a>
           </span>
          </div>
          <!-- /.postdata -->
         </div>
         <!-- /.title -->
         <div class="date">
          <span class="month">
           5月
          </span>
          <span class="day">
           29
          </span>
          <span class="year">
           2010
          </span>
         </div>
        </header>
        <!-- /.title-container -->
        <span class="post-format-icon">
        </span>
        <span class="updated" title="2010-05-29T13:40:30+00:00">
        </span>
        <div class="entry-container fix">
         <div class="entry entry-content fix">
          <p>
           先来一个绣花枕头
           <span style="color: #808080">
            （并非贬义）
           </span>
           版本，当置信上下界
           <span style="color: #808080">
            （下图中为95%）
           </span>
           同正同负时，勾勒一个圆环，外圈所围面积为置信上界，内圈所围面积为置信下界。当置信上界和下界符号不同时，画两个圆，先画绝对值较大的，再画绝对值较小的，并用不同颜色以示区分-，这样以来，上下界皆可看清，并且跨越0的置信区间对应的图就不是圆环了。图中的红叉表示不显著的系数
           <span style="color: #808080">
            (a=0.05)
           </span>
           。
          </p>
          <p>
           <a href="http://fun.r-forge.r-project.org/taiyun/blog/uploads//2010/05/Rplot010.png">
            <img src="http://fun.r-forge.r-project.org/taiyun/blog/uploads//2010/05/Rplot010.png"/>
           </a>
          </p>
          <p>
           上图看来新奇，但展示置信区间还是用长度直观明了，下图为不同置信水平下置信区间的动画演示。每个矩形上下边的黑线分别为上下置信界，中间的黑线
           <span style="color: #808080">
            （并不是上下界的均值！）
           </span>
           为相关系数大小，水平的点划线为0基准线。随着置信水平
           <span style="color: #808080">
            （1-a）
           </span>
           的增大，置信区间长度不断增大。
          </p>
          <p>
           <a href="http://fun.r-forge.r-project.org/taiyun/blog/uploads//2010/05/CI21.gif">
            <img src="http://fun.r-forge.r-project.org/taiyun/blog/uploads//2010/05/CI21.gif"/>
           </a>
          </p>
          <p>
           该gif动画较大，440k左右，网速慢的可能得稍候几秒，
           <a href="http://docs.google.com/fileview?id=0Bz0D2DDMGlCeMWUzNjZlMDEtZjVlNi00MTViLWFmOTktZDg5YWM5MjI2MTEw&amp;hl=en" target="_blank">
            pdf版本见此
           </a>
           。
          </p>
          <p>
           更多例图，
           <a href="http://docs.google.com/fileview?id=0Bz0D2DDMGlCeNzAwOWIxYzEtOTM3ZS00NzhiLTlhYzAtYzA3ZTQ5YjE4MTY0&amp;hl=en" target="_blank">
            参见我的Google Docs
           </a>
           ，共56张图形，恰合我华夏名族之数目
           <span style="color: #808080">
            (美其名曰corrplot华夏图？）
           </span>
           。国内google docs 在线查看速度可能比较慢，下载后用pdf浏览器全屏观看效果为佳。
          </p>
          <p>
           上面的所有图片代码都在corrplot-0.3版本之中，目前还没有在CRAN上，Rforge估计还得一两天。(注：
           <a href="http://cran.r-project.org/web/packages/corrplot/index.html" target="_blank">
            现在已在了
           </a>
           )
          </p>
          <p>
           近来生成swf、gif等动画都是animation之功劳，很是方便，感谢YH:)
          </p>
          <p>
           ———————————–分割之—————————————
           <br/>
           corrplot 0.3版本变动如下:
          </p>
          <blockquote>
           <p>
            <span style="color: #0000ff">
             1. 发现原来代码有些地方还是累赘，还有小bug，精简并kill 了一下bug，目前没有一个for循环（这种仇视for的心态或许并不好）。
             <br/>
             2. 原来变量名起得不好，这次大动了手术，争取见名知意，且能迅速记住，并不发生混淆。
             <br/>
             3. 进一步做好细节工作，主要是文本标签和颜色标签，提供了更灵活的布局方式，从上面提到的
             <a href="http://docs.google.com/fileview?id=0Bz0D2DDMGlCeNzAwOWIxYzEtOTM3ZS00NzhiLTlhYzAtYzA3ZTQ5YjE4MTY0&amp;hl=en" target="_blank">
              corrplot华夏图
             </a>
             中即可见端倪，比如颜色棒可选择在右或下，并可以自由控制宽度。
            </span>
           </p>
          </blockquote>
          <p>
           目前的corrplot包一个优点是很灵活，可以自由控制很多东西；但同时，这个优点也是成了它最大的缺点，那么多参数，看得人眼花。
          </p>
         </div>
         <!--entry -->
        </div>
        <!-- .entry-container -->
        <footer class="post-footer postdata fix">
         <span class="author">
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          </span>
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            taiyun
           </a>
          </span>
          at 13:40
         </span>
         <span class="tags tax">
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          </span>
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           animation
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          ,
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           CI
          </a>
          ,
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           corrplot
          </a>
          ,
          <a href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/r/" rel="tag">
           R
          </a>
          ,
          <a href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/visualization/" rel="tag">
           可视化
          </a>
          ,
          <a href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/%e6%b6%82%e9%b8%a6/" rel="tag">
           涂鸦
          </a>
         </span>
        </footer>
        <!-- .post-footer -->
       </article>
       <!--post -->
       <article class="full-content post-595 post type-post status-publish format-standard hentry category-visual-analysis category-6 category-8 tag-animation tag-fastgreedy-community tag-flash tag-igraph tag-sna tag-visualization tag-117 tag-93 category-4-id category-6-id category-8-id post-seq-4 post-parity-even meta-position-corners fix" id="post-595">
        <header class="post-header title-container fix">
         <div class="title">
          <h2 class="posttitle">
           <a class="entry-title" href="http://blog.cos.name/taiyun/2010/05/10/co-author-network-in-chinese-three-top-journal/" rel="bookmark" title="国内三大经济期刊合作作者关系网络及其可视化">
            国内三大经济期刊合作作者关系网络及其可视化
           </a>
          </h2>
          <div class="postdata fix">
           <span class="category">
            <span class="icon">
            </span>
            <a href="http://blog.cos.name/taiyun/category/visual-analysis/" rel="category tag">
             可视分析
            </a>
            ,
            <a href="http://blog.cos.name/taiyun/category/%e5%a4%8d%e6%9d%82%e7%bd%91%e7%bb%9c/" rel="category tag">
             复杂网络
            </a>
            ,
            <a href="http://blog.cos.name/taiyun/category/%e6%95%b0%e6%8d%ae%e6%8c%96%e6%8e%98/" rel="category tag">
             数据挖掘
            </a>
           </span>
           <span class="comments">
            <span class="icon">
            </span>
            <a href="http://blog.cos.name/taiyun/2010/05/10/co-author-network-in-chinese-three-top-journal/#comments">
             20 Responses »
            </a>
           </span>
          </div>
          <!-- /.postdata -->
         </div>
         <!-- /.title -->
         <div class="date">
          <span class="month">
           5月
          </span>
          <span class="day">
           10
          </span>
          <span class="year">
           2010
          </span>
         </div>
        </header>
        <!-- /.title-container -->
        <span class="post-format-icon">
        </span>
        <span class="updated" title="2010-05-10T19:44:07+00:00">
        </span>
        <div class="entry-container fix">
         <div class="entry entry-content fix">
          <p>
           最近做毕设，做着做着和社会网络搭上边了，发现这东西很好玩，并且很实用。在
           <a href="http://www.loyhome.cn/" target="_blank">
            丽云
           </a>
           的建议下抓取了2004年以来国内三大经济学期刊
           <span style="color: #888888">
            （经济学季刊、 经济研究、 世界经济）
           </span>
           的合作作者数据，在igraph包中用复杂网络领域的大牛
           <a href="http://www-personal.umich.edu/~mejn/" target="_blank">
            Newman
           </a>
           等人的
           <a href="http://www.ece.unm.edu/ifis/papers/community-moore.pdf" target="_blank">
            速度超快的社团结构分割算法
           </a>
           <span style="color: #888888">
            (igraph中是fastgreedy.community()函数)
           </span>
           画出了其中一个最大网络
           <span style="color: #888888">
           </span>
           的社团结构图
           <span style="color: #888888">
           </span>
           ，并按照社团数目画了25张图。这张图包括396个作者，652条边。
          </p>
          <div class="wp-caption aligncenter" id="attachment_597" style="width: 490px">
           <a href="http://fun.r-forge.r-project.org/taiyun/blog/uploads//2010/05/igraph25.swf" target="_blank">
            <img src="http://fun.r-forge.r-project.org/taiyun/blog/uploads//2010/05/igraph25.gif"/>
           </a>
           <p class="wp-caption-text">
            中国三大经济期刊2004年以来合作作者社会网络图之一
           </p>
          </div>
          <p style="text-align: center">
           点击gif图片，可看
           <a href="http://fun.r-forge.r-project.org/taiyun/blog/uploads//2010/05/igraph25.swf" target="_blank">
            flash版本
           </a>
           ，比较清晰。PDF
           <a href="https://docs.google.com/fileview?id=0Bz0D2DDMGlCeMWM1Nzk3MTktN2Q3Yy00YzgyLTgyMzItZGEwY2U4N2I4ODZk&amp;hl=en" target="_blank">
            版本在这里
           </a>
           ，下载后以幻灯片形式全屏来看，一张一张放映比flash版本更舒服，并且可以随时叫停，随时加速。tips：看官注意图中的一些细节，比如形状、主体颜色、轮廓颜色，其中暗藏机关。
          </p>
          <p>
           再放两个变种：
          </p>
          <div class="wp-caption aligncenter" id="attachment_607" style="width: 490px">
           <a href="http://fun.r-forge.r-project.org/taiyun/blog/uploads//2010/05/igraph25-block.swf" target="_blank">
            <img src="http://fun.r-forge.r-project.org/taiyun/blog/uploads//2010/05/igraph25-block.gif"/>
           </a>
           <p class="wp-caption-text">
            中国三大经济期刊2004年以来合作作者社会网络图之二
           </p>
          </div>
          <p style="text-align: center">
          </p>
          <div class="wp-caption aligncenter" id="attachment_605" style="width: 490px">
           <a href="http://fun.r-forge.r-project.org/taiyun/blog/uploads//2010/05/igraph25-shade.swf" target="_blank">
            <img src="http://fun.r-forge.r-project.org/taiyun/blog/uploads//2010/05/igraph25-shade.gif"/>
           </a>
           <p class="wp-caption-text">
            中国三大经济期刊2004年以来合作作者社会网络图之三
           </p>
          </div>
          <p style="text-align: center">
           点击可看flash版本，PDF版本在此：
           <a href="http://docs.google.com/fileview?id=0Bz0D2DDMGlCeOTliY2I2MzMtOTkxZS00MzMzLTkwN2YtYzY2NWZmYmRjNzY0&amp;hl=en" target="_blank">
            pdf-1
           </a>
           ，
           <a href="http://docs.google.com/fileview?id=0Bz0D2DDMGlCeYjY0MGE1ZWUtNjhjZC00N2NiLTg5ZDAtNmMwZDk0M2IzNmY5&amp;hl=en" target="_blank">
            pdf-2
           </a>
           。其中加了边框的图是根据散点形成的凸集弄的
           <span style="color: #888888">
            （chull()函数）
           </span>
           ，有时两个类别的凸几何图形有所重合，不太养眼。加了阴影的图是投机取了巧，把每个节点放大作为背景色的，但是效果还行。
          </p>
          <p>
           最后，再放个以作者名字为节点标签的图，
           <a href="http://docs.google.com/fileview?id=0Bz0D2DDMGlCeN2E2MmYyMzMtYTE5My00NTdjLThkNDEtMWNkYTcwOWU0MDkw&amp;hl=en" target="_blank">
            见此
           </a>
           ，
           <a href="http://docs.google.com/fileview?id=0Bz0D2DDMGlCeZmI0NDYzZTktNzI1NC00ZGFkLTlmNmQtNDY5NmVmY2Y0NWY1&amp;hl=en" target="_blank">
            或次（19个社团的）。
           </a>
           可以不用辛辛苦苦根据门牌号对号入座了，不过由于文字较小，可能需要放大查看。
          </p>
          <p>
           ——————————————分割之————————————————
          </p>
          <p>
           注1：近五年的数据中包括很多互相独立的子图，这里仅仅画出一个最大的（396个顶点），其他的没有画出，具体细节见下表。
          </p>
          <table border="1" cellpadding="0" cellspacing="0" style="height: 66px" width="527">
           <tbody>
            <tr>
             <td width="57">
              顶点数
             </td>
             <td width="57">
              1
             </td>
             <td width="57">
              2
             </td>
             <td width="57">
              3
             </td>
             <td width="57">
              4
             </td>
             <td width="57">
              5
             </td>
             <td width="57">
              6
             </td>
             <td width="57">
              7
             </td>
             <td width="57">
              8
             </td>
             <td width="57">
              9
             </td>
             <td width="57">
              11
             </td>
            </tr>
            <tr>
             <td width="57">
              频数
             </td>
             <td width="57">
              335
             </td>
             <td width="57">
              207
             </td>
             <td width="57">
              102
             </td>
             <td width="57">
              49
             </td>
             <td width="57">
              24
             </td>
             <td width="57">
              17
             </td>
             <td width="57">
              12
             </td>
             <td width="57">
              4
             </td>
             <td width="57">
              4
             </td>
             <td width="57">
              3
             </td>
            </tr>
            <tr>
             <td width="57">
              顶点数
             </td>
             <td width="57">
              12
             </td>
             <td width="57">
              14
             </td>
             <td width="57">
              15
             </td>
             <td width="57">
              16
             </td>
             <td width="57">
              20
             </td>
             <td width="57">
              22
             </td>
             <td width="57">
              23
             </td>
             <td width="57">
              55
             </td>
             <td width="57">
              396
             </td>
             <td width="57">
             </td>
            </tr>
            <tr>
             <td width="57">
              频数
             </td>
             <td width="57">
              2
             </td>
             <td width="57">
              3
             </td>
             <td width="57">
              1
             </td>
             <td width="57">
              1
             </td>
             <td width="57">
              1
             </td>
             <td width="57">
              1
             </td>
             <td width="57">
              1
             </td>
             <td width="57">
              1
             </td>
             <td width="57">
              1
             </td>
             <td width="57">
             </td>
            </tr>
           </tbody>
          </table>
          <p style="text-align: center">
           注2：刚好丽云画了国外经济学期刊的社会网络图，
           <a href="http://blog.cloudlychen.net/the-social-network-of-economists" target="_blank">
            见此
           </a>
           ，
           <a href="http://www.loyhome.cn/961.html" target="_blank">
            或此
           </a>
           。
          </p>
          <p>
           注3：该算法表示在社团为19的时候最为合适，图中的聚类信息
           <span style="color: #888888">
            (给出的是在社团数目为19的时候)
           </span>
           和IDs代号如下
           <span style="color: #888888">
            (代号越大，发表文章越多，比如樊纲的id是384，林毅夫的id是394，
           </span>
           <span style="color: #888888">
            龚六堂
           </span>
           <span style="color: #888888">
            的是393，都算是刊霸级人物)
           </span>
           ，希望经济学的朋友们看看是否符合实情：
          </p>
          <ul>
           <li>
            第1类(size=46):
           </li>
           <p>
            WarwickJ.Mckibbin(7), 蔡志洲(12), 陈烨(20), 陈瑜(21), 关志雄(36), 国务院发展研究中心课题组(39), 胡嘉妮(47), 李宏艳(63), 罗德明(95), 沈懿(105), 史宇鹏(108), 苏剑(112), 陶婧(117), 王荣艳(125), 威廉•布莱福特(137), 魏强(138), 沃维克•麦克吉宾(140), 小川英治(146), 曾道智(166), 张辉(169), 张健华(171), 张艳花(174), 张燕(175), 张永生(176), 陈超(198), 陈漓高(200), 顾全林(214), 金祥荣(224), 刘鹏(231), 刘世锦(232), 罗凯(236), 汪伟(248), 张怀清(271), 胡永泰(287), 朱希伟(313), 齐俊妍(319), 汪淼军(325), 王小鲁(328), 谢平(329), 姚枝仲(332), 贺力平(339), 刘伟(343), 张维迎(348), 朱玲(364), 周黎安(383), 樊纲(384)
           </p>
           <li>
            第2类(size=42):
           </li>
           <p>
            丁维莉(25), 何俊志(43), 贺小海(45), 蒋仕卿(58), 李珍珍(75), 齐佩金(100), 宋铮(109), 汪汇(121), 王志强(135), 邢予青(149), 严冀(156), 杨真真(159), 余央央(165), 张藕香(173), 赵剑治(181), 陈敏(201), 邓可斌(205), 樊潇彦(210), 桂琦寒(216), 何立新(219), 何樟勇(220), 刘永平(234), 孙刚(244), 吴桂英(253), 殷醒民(264), 张吉鹏(272), 张爽(275), 丁菊红(285), 金煜(289), 夏纪军(297), 许庆(300), 佐藤宏(314), 刘修岩(318), 袁志刚(333), 封进(337), 张茵(349), 张晏(361), 王永钦(369), 章元(382), 万广华(390), 陈钊(392), 陆铭(395)
           </p>
           <li>
            第3类(size=39):
           </li>
           <p>
            蔡颖义(11), 曹广忠(13), 单伟(23), 高坚(32), 何学中(44), 姜烨(57), 雷•布鲁克斯(61), 刘永东(88), 陆曦(94), 邵挺(103), 苏福兵(110), 田士超(118), 王世华(128), 王勇(132), 危结根(136), 吴庆堂(142), 余乐安(164), 冯维江(211), 鞠建东(225), 李志赟(227), 汪晖(247), 徐高(257), 徐晋涛(258), 余永定(266), 袁飞(268), 孙希芳(292), 覃东海(293), 余淼杰(304), 张鹏飞(308), 张斌(334), 龚刚(353), 何帆(354), 徐志刚(359), 张曙光(360), 潘士远(367), 陶然(368), 章奇(374), 刘明兴(379), 林毅夫(394)
           </p>
           <li>
            第4类(size=33):
           </li>
           <p>
            冯俊新(30), 黄文平(50), 黄新飞(51), 黄怡胜(52), 江舒韵(54), 李正仕(76), 刘霖林(82), 石晓军(107), 苏桂富(111), 孙建军(113), 夏晓华(145), 徐勇(152), 余军(163), 张安民(167), 周天芸(186), 朱洁瑜(190), 李捷瑜(226), 刘涛(233), 梅松(240), 孙群燕(245), 王红领(249), 王贤彬(251), 张顺明(276), 赵永亮(278), 李稻葵(290), 云鹤(306), 王美今(327), 才国伟(336), 李郇(340), 王曦(358), 李杰(378), 徐现祥(380), 舒元(389)
           </p>
           <li>
            第5类(size=33):
           </li>
           <p>
            杜敏杰(26), 黄群慧(49), 李恩平(62), 李琴(69), 李义学(72), 李增刚(74), 林跃勤(79), 罗凤金(96), 吴太昌(143), 张慧莲(170), 张自然(177), 钟宏武(184), 常欣(195), 陈昌兵(197), 韩孟(218), 汤铎铎(246), 王宏淼(250), 谢志平(255), 袁富华(269), 中国社会科学院经济体制改革30年研究课题组(279), 陈佳贵(283), 韦倩(295), 张磊(307), 黄少安(316), 孙涛(322), 汪红驹(324), 王海港(326), 刘树成(342), 张平(372), 张卓元(373), 中国经济增长与宏观稳定课题组(375), 张晓晶(386), 刘霞辉(387)
           </p>
           <li>
            第6类(size=33):
           </li>
           <p>
            薄仙慧(10), 黄张凯(53), 姜神怡(56), 康季军(59), 康继军(60), 林细细(78), 林忠晶(80), 刘寅(87), 鲁臻(92), 缪新琼(99), 汪锋(120), 王胜(127), 王燕(131), 肖军(147), 谢丹阳(148), 许雄奇(154), 薛彤(155), 杨云红(158), 周春生(185), 白云霞(193), 尹恒(265), 陈晓光(284), 王弟海(294), 徐信忠(298), 严成樑(301), 杨俊(302), 张宗益(309), 周炎(312), 王亚平(346), 邹恒甫(350), 陈昆亭(351), 吴联生(370), 龚六堂(393)
           </p>
           <li>
            第7类(size=27):
           </li>
           <p>
            陈波(16), 韩冰洁(40), 何建武(42), 侯永志(46), 姜德增(55), 李金波(65), 刘云中(90), 卢周来(91), 芮明杰(102), 孙艳梅(115), 王宇锋(133), 吴玉立(144), 杨其静(157), 张俊妮(172), 罗雨泽(238), 行伟波(256), 许召元(260), 薛求知(261), 杨瑞龙(263), 朱善利(281), 罗来军(291), 谭松涛(323), 邢春冰(330), 李善同(341), 陈玉宇(352), 聂辉华(355), 郑志刚(363)
           </p>
           <li>
            第8类(size=25):
           </li>
           <p>
            傅雄广(31), 郭凯(37), 郭美新(38), 黄玲文(48), 沈明高(104), 师慧丽(106), 王曲(124), 王小康(130), 王泽填(134), 余海丰(162), 章林峰(178), 赵英涛(182), 郑东雅(183), 朱海婷(188), 朱诗娥(192), 陈斌开(196), 和云(221), 刘民权(230), 沈艳(242), 许伟(259), 徐忠(299), 杨汝岱(331), 高梦滔(338), 施建淮(357), 姚洋(385)
           </p>
           <li>
            第9类(size=21):
           </li>
           <p>
            ArneBigsten(1), 高宇宁(33), 刘生龙(83), 刘涛雄(84), 刘晓东(86), 钱陈(101), 孙柳媚(114), 田新民(119), 王少国(126), 吴凡(141), 许海萍(153), 朱慧(189), 杜立民(209), 王亚华(252), 董雪兵(286), 杨永恒(303), 张宁(335), 王争(347), 郑京海(362), 胡鞍钢(376), 史晋川(388)
           </p>
           <li>
            第10类(size=16):
           </li>
           <p>
            ErikaMeng(3), MichielKeyzer(6), WillMartin(8), WimvanVeen(9), 刘宇(89), 罗斯高(97), 米建伟(98), 王金霞(123), 朱莉芬(191), 仇焕广(204), 刘承芳(229), 罗仁福(237), 杨军(262), 张林秀(274), ScottRozelle(282), 黄季焜(365)
           </p>
           <li>
            第11类(size=15):
           </li>
           <p>
            陈工文(18), 陈敏彦(19), 邓永旭(24), 范瑛(28), 关晓静(35), 郝朝艳(41), 李胤(73), 尹静(160), 章椹元(179), 周艺艺(187), 郭锐欣(217), 梁爽(228), 毛亮(239), 张海洋(270), 平新乔(356)
           </p>
           <li>
            第12类(size=13):
           </li>
           <p>
            陈高才(17), 樊茂清(27), 李洁(64), 林黎(77), 覃筱(116), 徐楠楠(151), 余芳东(161), 柏满迎(194), 黄薇(222), 蒋云赟(223), 郑海涛(311), 孙琳琳(321), 任若恩(391)
           </p>
           <li>
            第13类(size=10):
           </li>
           <p>
            B•古斯塔夫森(2), 古斯塔夫森(34), 李利英(67), 刘京军(81), 邓曲恒(206), 丁赛(207), 董晓媛(208), 魏众(296), 岳希明(305), 李实(366)
           </p>
           <li>
            第14类(size=9):
           </li>
           <p>
            曹跃群(14), 陈仲常(22), 李敬(66), 李伶俐(68), 王定祥(122), 温涛(139), 熊德平(150), 吴永球(254), 冉光和(320)
           </p>
           <li>
            第15类(size=9):
           </li>
           <p>
            GaryH.Jefferson(4), 方红生(29), 王世磊(129), 张弘(168), 陈诗一(202), 傅勇(212), 高远(213), 桂林(215), 张军(381)
           </p>
           <li>
            第16类(size=8):
           </li>
           <p>
            赵波(180), 陈磊(199), 石磊(243), 张剑(273), 张涛(277), 周敏(280), 王学斌(345), 寇宗来(377)
           </p>
           <li>
            第17类(size=7):
           </li>
           <p>
            李双杰(70), 陆挺(235), 袁诚(267), 赵农(310), 刘小鲁(317), 刘小玄(344), 吴延兵(371)
           </p>
           <li>
            第18类(size=5):
           </li>
           <p>
            M.S.Qureshi(5), 常斌(15), 李妍(71), 缪小林(241), 伏润民(315)
           </p>
           <li>
            第19类(size=5):
           </li>
           <p>
            AbdullahiD.Ahmed(0), 刘西川(85), 陆文聪(93), 程恩江(203), 黄祖辉(288)
           </p>
          </ul>
         </div>
         <!--entry -->
        </div>
        <!-- .entry-container -->
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          </span>
          Posted by
          <span class="vcard">
           <a class="url fn" href="http://blog.cos.name/taiyun/author/taiyun/" rel="author">
            taiyun
           </a>
          </span>
          at 19:44
         </span>
         <span class="tags tax">
          <span class="icon">
          </span>
          Tagged with:
          <a href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/animation/" rel="tag">
           animation
          </a>
          ,
          <a href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/fastgreedy-community/" rel="tag">
           fastgreedy.community()
          </a>
          ,
          <a href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/flash/" rel="tag">
           flash
          </a>
          ,
          <a href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/igraph/" rel="tag">
           igraph
          </a>
          ,
          <a href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/sna/" rel="tag">
           SNA
          </a>
          ,
          <a href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/visualization/" rel="tag">
           可视化
          </a>
          ,
          <a href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/%e5%a4%8d%e6%9d%82%e7%bd%91%e7%bb%9c/" rel="tag">
           复杂网络
          </a>
          ,
          <a href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/%e7%bb%8f%e6%b5%8e%e5%ad%a6/" rel="tag">
           经济学
          </a>
         </span>
        </footer>
        <!-- .post-footer -->
       </article>
       <!--post -->
       <article class="full-content post-577 post type-post status-publish format-standard hentry category-r category-visual-analysis tag-cairo tag-corrplot tag-cran tag-55 tag-visualization category-3-id category-4-id post-seq-5 post-parity-odd meta-position-corners fix" id="post-577">
        <header class="post-header title-container fix">
         <div class="title">
          <h2 class="posttitle">
           <a class="entry-title" href="http://blog.cos.name/taiyun/2010/04/18/corrplot-0-20-came-out/" rel="bookmark" title="corrplot 0.2-0版本出炉">
            corrplot 0.2-0版本出炉
           </a>
          </h2>
          <div class="postdata fix">
           <span class="category">
            <span class="icon">
            </span>
            <a href="http://blog.cos.name/taiyun/category/r/" rel="category tag">
             R
            </a>
            ,
            <a href="http://blog.cos.name/taiyun/category/visual-analysis/" rel="category tag">
             可视分析
            </a>
           </span>
           <span class="comments">
            <span class="icon">
            </span>
            <a href="http://blog.cos.name/taiyun/2010/04/18/corrplot-0-20-came-out/#comments">
             20 Responses »
            </a>
           </span>
          </div>
          <!-- /.postdata -->
         </div>
         <!-- /.title -->
         <div class="date">
          <span class="month">
           4月
          </span>
          <span class="day">
           18
          </span>
          <span class="year">
           2010
          </span>
         </div>
        </header>
        <!-- /.title-container -->
        <span class="post-format-icon">
        </span>
        <span class="updated" title="2010-04-18T13:04:48+00:00">
        </span>
        <div class="entry-container fix">
         <div class="entry entry-content fix">
          <p>
           更新了一下corrplot包，变动如下：
          </p>
          <blockquote>
           <p>
            <span style="color: #000080">
             <strong>
              <span style="color: #0000ff">
               1.  解决了之前的一些小bug，并且把原来的一些for()循环用*apply函数重写了一下。
               <br/>
               2. 增加了corr.rect()函数，可以在相关阵的图上面框框，类似于谱系图上面的那种矩形，即将原来的多个变量分为n类。这两种图（见图1、图2）可以好好比较一下，各有特点。
               <br/>
               3. 在原先的corrpot()函数中，当排序方式为系统聚类时，可以根据聚类结果直接加框框，具体由rect.hc, rect.col, rect.lwd三个参数控制。当然，也可以在图画完之后，用corr.rect()函数再加，只不过方便性上打了折扣。
              </span>
             </strong>
            </span>
           </p>
          </blockquote>
          <p>
           目前，
           <a href="http://cran.r-project.org/web/packages/corrplot/index.html" target="_blank">
            CRAN主页
           </a>
           上新版已经出炉，国内中科院的两个镜像还没有同步，大约得半天左右吧(香港那个镜像早已废弃)。此外，WINDOWS下默认的图形设备在绘制png等非矢量格式图时，效果欠佳，建议用Cairo包或者cairoDevice包来生成质量较高的png图片。
          </p>
          <div class="wp-caption aligncenter" id="attachment_578" style="width: 573px">
           <a href="http://fun.r-forge.r-project.org/taiyun/blog/uploads//2010/04/corr-circle3.png" target="_blank" title='图1 代码为：corrplot(cor(mtcars), order="hclust", rect.hc = 3)'>
            <img src="http://fun.r-forge.r-project.org/taiyun/blog/uploads//2010/04/corr-circle3.png"/>
           </a>
           <p class="wp-caption-text">
            图 1  corrplot画出来的
           </p>
          </div>
          <p style="text-align: center">
          </p>
          <p style="text-align: center">
          </p>
          <p>
           图1代码如下：
          </p>
          <pre>corrplot(cor(mtcars), order="hclust", rect.hc = 3)</pre>
          <p>
          </p>
          <div class="wp-caption aligncenter" id="attachment_579" style="width: 570px">
           <a href="http://fun.r-forge.r-project.org/taiyun/blog/uploads//2010/04/dent3.png" target="_blank">
            <img src="http://fun.r-forge.r-project.org/taiyun/blog/uploads//2010/04/dent3.png"/>
           </a>
           <p class="wp-caption-text">
            图2 传统的聚类谱系图，可以与图1好好比较一番
           </p>
          </div>
          <br/>
          再放一个图1和图2的联姻图：
          <p>
          </p>
          <div class="wp-caption aligncenter" id="attachment_625" style="width: 553px">
           <a href="http://fun.r-forge.r-project.org/taiyun/blog/uploads//2010/04/two2in1.png">
            <img src="http://fun.r-forge.r-project.org/taiyun/blog/uploads//2010/04/two2in1.png"/>
           </a>
           <p class="wp-caption-text">
            图3 二者之联姻，和heatmap有些相似
           </p>
          </div>
          <p style="text-align: center">
          </p>
          <p>
           corrplot包的其他问题：
          </p>
          <blockquote>
           <p>
            <span style="color: #000080">
             <strong>
              <span style="color: #0000ff">
               1. DESCRIPTION文件里面的suggests package里面不小心加了个rgl包，悲剧悲剧。
               <br/>
               2. corrplot()函数参数过多，现在是38个左右，很多时候我自己都要返回去看看参数意义，显得比较累赘。
               <br/>
               3. 变量的文本标签的计算方法不太好，有时得多次调解cex参数，比较麻烦，这个是个比较大的问题。
               <br/>
               4. 之前，准备多做做变量排序的事情，后来发现seriation包已经做得非常好了，其中一位作者Kurt还是R core之一，每次提交package时，几乎都是他把关。corrplot包的定位还是轻量级，在维数&lt;50的时候娱乐娱乐。
              </span>
             </strong>
            </span>
           </p>
          </blockquote>
          <p>
           欢迎广大朋友批评指正。
          </p>
         </div>
         <!--entry -->
        </div>
        <!-- .entry-container -->
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         <span class="author">
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          </span>
          Posted by
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           <a class="url fn" href="http://blog.cos.name/taiyun/author/taiyun/" rel="author">
            taiyun
           </a>
          </span>
          at 13:04
         </span>
         <span class="tags tax">
          <span class="icon">
          </span>
          Tagged with:
          <a href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/cairo/" rel="tag">
           Cairo
          </a>
          ,
          <a href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/corrplot/" rel="tag">
           corrplot
          </a>
          ,
          <a href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/cran/" rel="tag">
           cran
          </a>
          ,
          <a href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/%e5%87%9d%e8%81%9a%e8%81%9a%e7%b1%bb/" rel="tag">
           凝聚聚类
          </a>
          ,
          <a href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/visualization/" rel="tag">
           可视化
          </a>
         </span>
        </footer>
        <!-- .post-footer -->
       </article>
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       <article class="full-content post-191 post type-post status-publish format-standard hentry category-r category-visual-analysis tag-r tag-visualization category-3-id category-4-id post-seq-6 post-parity-even meta-position-corners fix" id="post-191">
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         <div class="title">
          <h2 class="posttitle">
           <a class="entry-title" href="http://blog.cos.name/taiyun/2009/08/30/submit-corrplot-to-cran/" rel="bookmark" title="corrplot即将提交到CRAN">
            corrplot即将提交到CRAN
           </a>
          </h2>
          <div class="postdata fix">
           <span class="category">
            <span class="icon">
            </span>
            <a href="http://blog.cos.name/taiyun/category/r/" rel="category tag">
             R
            </a>
            ,
            <a href="http://blog.cos.name/taiyun/category/visual-analysis/" rel="category tag">
             可视分析
            </a>
           </span>
           <span class="comments">
            <span class="icon">
            </span>
            <a href="http://blog.cos.name/taiyun/2009/08/30/submit-corrplot-to-cran/#respond">
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            </a>
           </span>
          </div>
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         </div>
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         <div class="date">
          <span class="month">
           8月
          </span>
          <span class="day">
           30
          </span>
          <span class="year">
           2009
          </span>
         </div>
        </header>
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        <span class="post-format-icon">
        </span>
        <span class="updated" title="2009-08-30T14:41:00+00:00">
        </span>
        <div class="entry-container fix">
         <div class="entry entry-content fix">
          <div class="cnt">
           之前，corrplot包（
           <a href="http://cos.name/bbs/read.php?tid=15158" target="_blank">
            部分效果见此
           </a>
           ）只能通过Rforge下载：
           <p>
           </p>
           <pre>install.packages("corrplot", repos="http://R-Forge.R-project.org")</pre>
           <p>
            目前小bug都找的差不多了，加上近来比较忙碌，故打算提交到CRAN（大约五天之内会到CRAN上露脸吧），需要此包的朋友们就不用发email给我原始数据让我代劳了
            <img src="http://img.baidu.com/hi/jx/j_0045.gif"/>
           </p>
           <p>
            此包以后的更新方向主要是变量的重排序方法：
           </p>
           <p>
            <strong>
             1. Robinsonian
             <br/>
             2. Dimension reduction
             <br/>
             3. Heuristics
             <br/>
             4. Block modeling
             <br/>
             5. TSP
            </strong>
           </p>
           <p>
            现在已经实现了主成分排序和各种系统聚类排序，其他的还得边学边卖，慢慢更新。相关矩阵可视化竟然能扯出这么多数学、统计甚至图论的东西，之前从没想到过，真是好玩。
           </p>
           <p>
            <span style="font-family: 黑体">
             <strong>
              注1：
             </strong>
            </span>
            最初是在R会议上看见bjt大哥用椭圆图来表示相关矩阵，那时觉得很新鲜、很好玩，记忆很深刻。后来随便想了一阵子，写了个
            <a href="http://cos.name/2009/03/correlation-matrix-visualization/" target="_blank">
             小函数
            </a>
            来娱乐，却没想到滚雪球滚成了一个小package。
           </p>
           <p>
            <span style="font-family: 黑体">
             <strong>
              注2：
             </strong>
            </span>
            曾经觉得自己折腾得太久了，很无聊，不过现在又觉得很好玩了，因为还有很多有趣的工作要做。
           </p>
           <p>
            <span style="font-family: 黑体;color: #ff0000">
             <strong>
              注3：
             </strong>
             <span style="font-family: 宋体">
              corrplot包在Rforge上最近
             </span>
            </span>
            <span style="color: #ff0000">
             不太好用，等我忙完手头的事立即更新。
            </span>
           </p>
          </div>
         </div>
         <!--entry -->
        </div>
        <!-- .entry-container -->
        <footer class="post-footer postdata fix">
         <span class="author">
          <span class="icon">
          </span>
          Posted by
          <span class="vcard">
           <a class="url fn" href="http://blog.cos.name/taiyun/author/taiyun/" rel="author">
            taiyun
           </a>
          </span>
          at 14:41
         </span>
         <span class="tags tax">
          <span class="icon">
          </span>
          Tagged with:
          <a href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/r/" rel="tag">
           R
          </a>
          ,
          <a href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/visualization/" rel="tag">
           可视化
          </a>
         </span>
        </footer>
        <!-- .post-footer -->
       </article>
       <!--post -->
       <article class="full-content post-192 post type-post status-publish format-standard hentry category-r category-visual-analysis tag-pca tag-r tag-tsp tag-visualization category-3-id category-4-id post-seq-7 post-parity-odd meta-position-corners fix" id="post-192">
        <header class="post-header title-container fix">
         <div class="title">
          <h2 class="posttitle">
           <a class="entry-title" href="http://blog.cos.name/taiyun/2009/08/23/an-application-of-tsp-in-matrix-visualization/" rel="bookmark" title="距离矩阵可视化&amp;用TSP方法重排变量">
            距离矩阵可视化&amp;用TSP方法重排变量
           </a>
          </h2>
          <div class="postdata fix">
           <span class="category">
            <span class="icon">
            </span>
            <a href="http://blog.cos.name/taiyun/category/r/" rel="category tag">
             R
            </a>
            ,
            <a href="http://blog.cos.name/taiyun/category/visual-analysis/" rel="category tag">
             可视分析
            </a>
           </span>
           <span class="comments">
            <span class="icon">
            </span>
            <a href="http://blog.cos.name/taiyun/2009/08/23/an-application-of-tsp-in-matrix-visualization/#respond">
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            </a>
           </span>
          </div>
          <!-- /.postdata -->
         </div>
         <!-- /.title -->
         <div class="date">
          <span class="month">
           8月
          </span>
          <span class="day">
           23
          </span>
          <span class="year">
           2009
          </span>
         </div>
        </header>
        <!-- /.title-container -->
        <span class="post-format-icon">
        </span>
        <span class="updated" title="2009-08-23T16:26:00+00:00">
        </span>
        <div class="entry-container fix">
         <div class="entry entry-content fix">
          <div class="cnt">
           前两周在北大上
           <a href="http://vis.pku.edu.cn/wiki/doku.php?id=public_course:summerschool_s09:start" target="_blank">
            可视化的暑期班
           </a>
           ，有幸和五湖四海的朋友们一起聆听Kwan-Liu Ma、Han-Wei Shen、Alex Pang、Michelle Zhou、Hua-min Qu、Jean-Daniel Fekete、Jian Huang、田捷等老师的教诲，这些老师、研究人员在各自的领域内都非常优秀，部分还是界内大牛，更可敬的是他们都对学生很有感情、很有耐心——标准的德艺双馨。
           <p>
           </p>
           <p>
            整个暑期班的学习中，课程包含流体可视化、张量可视化、医学影像、信息可视化、时变可视化、智能可视化、并行可视化等很多方面，其中我最感兴趣的是：Jean-Daniel的
            <a href="http://vis.pku.edu.cn/wiki/doku.php?id=public_course:summerschool_s09:program:start" target="_blank">
             Visualizing Social Networks using Hybrid Matrix/Node-Link Representations
            </a>
            ，因为和我之前的工作颇有渊源。
           </p>
           <p>
            Jean-Daniel在做social network的时候，用到了类似相关矩阵可视化的东西，就是将两两之间的关系数字化，得到一个相似度矩阵，然后可视化这个矩阵。social network的传统做法是画个网络图，用节点和连线来表示，但这样很容易使整个图变得乱七八糟，什么也看不清。可视化相似度矩阵的方法则不存在这个问题，当然也会带来新的麻烦。
           </p>
           <p>
            对于相似度矩阵的可视化，主要存在两个问题：
            <br/>
            1. 如何用颜色、图形、线条表示这个矩阵，；
            <br/>
            2. 如何对矩阵对应的变量进行重排序，使得相似的变量聚在一起，不相似的分开，这样我们可以通过可视化的图形直观地发掘变量之间内在的关系。
           </p>
           <p>
            其中，第一点已经很成熟了，就是用方块、圆，再辅之以渐变色等，corrplot包的初期也就是做这些工作；而第二点，即如何重现排序变量，这会涉及到统计、数学知识，也是本问题的精髓之所在。之前，我仅知道用PCA、聚类等方法重排变量，也在corrplot包中实现了。而现在，我发现重排变量是个不小的问题，因为它本身非常重要，而PCA、聚类方法有时在效果或者速度上并不占优势，这就需要我们探索其他方法。Jean-Daniel在课堂上介绍了两个， Robinsonian和TSP。Robinsonian是个很数学的东西，我暂时还没有翻看论文，但是TSP（Travelling salesman problem）大家都再熟悉不过了，把这个东西灵活地用在变量排序中，的确是别出心裁，匪夷所思！！相似度、相关系数等本身都是距离，而TSP问题恰恰求最短路的。
           </p>
           <p>
            TSP是个NP问题，但很幸运的是，我们目前已经有很多算法可以快速得到不错的解，R中有相关的包（TSP），包含了常见算法并提供了concorde软件（解TSP问题的优秀开源软件）的接口。这样一来，写个用TSP排列变量函数就方便很多了。
           </p>
           <p>
            当然，除了TSP问题的求解难度问题之外，它在变量排序中还存在一个问题，就是TSP问题求出的最短路是个环线，所以在重排序的变量中，第一个和最后一个可能很相似，但在图中，它们一个最上、一个最下，离得最远。这个问题可以这么解决：
           </p>
           <p>
            1.
            <strong>
             <span style="color: #0000ff">
              不在一张图上吊死。
             </span>
            </strong>
            用至少两张图，第二张图的变量顺序是第一个图的水平移动，比如第一个图中（A, B, C, D, E)，而第二个图则是（D, E, A, B, C），这样第二个图中E和A就在一起了。当然，我们也可以通过观察图形，得到一个最容易接受的排序。这虽然是个解决方法，但是人总是贪婪而又懒惰的，一张图能看清楚的，绝不会看两张图，因此还需要探索一张图的方法。
           </p>
           <p>
            2.
            <strong>
             <span style="color: #0000ff">
              不在一个算法上吊死。
             </span>
            </strong>
            既然TSP可以，那么图论中经典的Dijkstra 、Floyd算法也很可能适用，虽然这两个算法不是穷尽各个节点的，而是求各个节点之间的最小路程。
            <span style="color: #0000ff">
             <strong>
              比如，我们可以通过这两个算法辅助TSP算法确定起点和终点
             </strong>
            </span>
            ：我们可以求出网络中任意两点间的距离，然后找出最大距离所对应的两个节点。然后，将距离矩阵中这两个节点所对应的距离修改为0，这样得到的结果中这两个节点肯定挨在一起，这相当于将TSP环路算法转换为非环路算法。然后，将这两个节点分别设置为头尾，就可以得到一个粗糙的结果了。我在R中试了试，基于经典的mtcars数据，将得到的图展示出来：
            <br/>
            <img src="http://fun.r-forge.r-project.org/taiyun/blog/uploads//2009/10/vis-tsp-pca.jpg"/>
            <br/>
            从上图可以看到，两种排序方法还是比较相似的，并且效果都不错。
            <span style="color: #0000ff">
             <strong>
              这样确定起点终点的好处是，起点和终点对应线路是所有两两路程中最长的，这样再用非环线的TSP算法就不容易使排序失去意义。
             </strong>
            </span>
            当然，这种方法还是很粗糙，比如计算量过大。实际中，我们可以通过别的方法更快地确定起始点和终点。
            <br/>
            <span style="font-size: 10.5pt">
            </span>
           </p>
           <p>
            3.
            <span style="font-size: 10.5pt">
             <strong>
              <span style="color: #0000ff">
               不在一种介质上吊死。
              </span>
             </strong>
             常见的纸、屏幕是平面的，如果我们有圆柱形式的立体介质，那么
            </span>
            <span style="font-size: 10.5pt">
             TSP
            </span>
            <span style="font-size: 10.5pt">
             得到的变量重排序就很有舞台了。将图绘制在圆柱上，首尾相接，看
            </span>
            <span style="font-size: 10.5pt">
             的时候转动圆柱即可。这个方法听起来的确有些扯，但是我觉得这种介质的出现不是没有可能（实际上，一些路边的广告就是这样的），当然这种方法的局限性也很大。
            </span>
           </p>
           <p>
            <span style="font-size: 10.5pt">
             等手头的杂事忙完的话，
            </span>
            <span style="font-size: 10.5pt">
             <a href="http://r-forge.r-project.org/projects/corrplot/" target="_blank">
              corrplot
              <span>
               <span>
                包
               </span>
              </span>
             </a>
            </span>
            <span style="font-size: 10.5pt">
             也会逐步更新，添加一些变量排序的新方法。
             <span style="color: #0000ff">
              <strong>
               可视化不是简单的画图，背后的算法、模型非常重要
              </strong>
              <strong>
               。
              </strong>
             </span>
            </span>
           </p>
           <p>
            <span style="color: #0000ff">
             <strong>
             </strong>
            </span>
            <span style="color: #0000ff">
             <strong>
              <span style="color: #000000">
               注：
               <br/>
               1. 已经有很多文献讨论了矩阵的重排序，不过我都没看，先自己折腾一番。
               <br/>
               2. 本文之前写得不太明了，因此重新修改了，2009-08-27，19:16。
              </span>
              <br/>
             </strong>
            </span>
           </p>
          </div>
         </div>
         <!--entry -->
        </div>
        <!-- .entry-container -->
        <footer class="post-footer postdata fix">
         <span class="author">
          <span class="icon">
          </span>
          Posted by
          <span class="vcard">
           <a class="url fn" href="http://blog.cos.name/taiyun/author/taiyun/" rel="author">
            taiyun
           </a>
          </span>
          at 16:26
         </span>
         <span class="tags tax">
          <span class="icon">
          </span>
          Tagged with:
          <a href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/pca/" rel="tag">
           PCA
          </a>
          ,
          <a href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/r/" rel="tag">
           R
          </a>
          ,
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           TSP
          </a>
          ,
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           可视化
          </a>
         </span>
        </footer>
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       </article>
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       <article class="full-content post-205 post type-post status-publish format-standard hentry category-visual-analysis tag-r tag-visualization tag-90 category-4-id post-seq-8 post-parity-even meta-position-corners fix" id="post-205">
        <header class="post-header title-container fix">
         <div class="title">
          <h2 class="posttitle">
           <a class="entry-title" href="http://blog.cos.name/taiyun/2009/04/21/squares-chart-of-correlation-matrix/" rel="bookmark" title="相关阵的方块图">
            相关阵的方块图
           </a>
          </h2>
          <div class="postdata fix">
           <span class="category">
            <span class="icon">
            </span>
            <a href="http://blog.cos.name/taiyun/category/visual-analysis/" rel="category tag">
             可视分析
            </a>
           </span>
           <span class="comments">
            <span class="icon">
            </span>
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            </a>
           </span>
          </div>
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         </div>
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         <div class="date">
          <span class="month">
           4月
          </span>
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           21
          </span>
          <span class="year">
           2009
          </span>
         </div>
        </header>
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        </span>
        <span class="updated" title="2009-04-21T16:34:00+00:00">
        </span>
        <div class="entry-container fix">
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            <p>
            </p>
            <p>
             新图一张，还是关于相关阵的。
            </p>
           </div>
          </div>
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           <a class="url fn" href="http://blog.cos.name/taiyun/author/taiyun/" rel="author">
            taiyun
           </a>
          </span>
          at 16:34
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           R
          </a>
          ,
          <a href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/visualization/" rel="tag">
           可视化
          </a>
          ,
          <a href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/%e7%9b%b8%e5%85%b3%e9%98%b5/" rel="tag">
           相关阵
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           <a class="entry-title" href="http://blog.cos.name/taiyun/2009/03/25/circles-chart-of-corrmatrix-to-wiqi-chart/" rel="bookmark" title="相关阵的圆圈图升级为围棋图">
            相关阵的圆圈图升级为围棋图
           </a>
          </h2>
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            <a href="http://blog.cos.name/taiyun/category/visual-analysis/" rel="category tag">
             可视分析
            </a>
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            <a href="http://blog.cos.name/taiyun/2009/03/25/circles-chart-of-corrmatrix-to-wiqi-chart/#respond">
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           2009
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        <span class="updated" title="2009-03-25T18:48:00+00:00">
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         <div class="entry entry-content fix">
          <p>
           一直觉得圆圈图听来不雅，也没有“闪电图”那么响亮的名字，不料却受到了许多前辈们的关怀议论，叫好的不少，提出批评意见的也不少。从中，我发现了一个秘密：人们的视觉系统是有差异的！同一个图，在某些人眼里好，而在其他人眼里就不一定舒服了。所以，我把原先的函数升级了，添加了背景颜色和填充颜色两个参数，用户可以自行选择适当的参数，当然后果自负。
          </p>
          <p>
           许多朋友反映负相关系数的白色圈子淹没在白色背景里了，不怎么显眼。受中国围棋的启发，把背景设置为鹅黄色，发现效果不错。这样圆圈图就有个扬眉吐气的名字了：围棋图。
          </p>
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            <img src="http://fun.r-forge.r-project.org/taiyun/blog/uploads//2009/10/chinese-go.jpg"/>
           </div>
          </div>
          <p>
           更多关于相关阵的图片参见我的Picasa 图片集，欢迎评价！
          </p>
          <p>
           跑题一下:Google 万岁。Google的Serch、Gmail、Groups、Blog、Maps、Reader、Docs、Picasa、Gtalk都非常好用，并且都免费。太喜欢google了！
          </p>
         </div>
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           <a class="url fn" href="http://blog.cos.name/taiyun/author/taiyun/" rel="author">
            taiyun
           </a>
          </span>
          at 18:48
         </span>
         <span class="tags tax">
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          </span>
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           可视化
          </a>
          ,
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           围棋图
          </a>
          ,
          <a href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/%e7%9b%b8%e5%85%b3%e9%98%b5/" rel="tag">
           相关阵
          </a>
         </span>
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           </a>
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            秋雨梧桐叶落时: corrplot包0.40版本出炉
           </a>
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            玉簪暗暗惜华年：刘嘉忆和Seetapun猜想
           </a>
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            严老师生日快乐，淡定，给力以及治学
           </a>
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          博客链接
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          <li>
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            主伟呈
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            小南
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            小轩哥
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            平沙落雁
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            思喆兄
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            我的GitHub
           </a>
          </li>
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            晓伟
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            李舰大哥
           </a>
          </li>
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            格物堂
           </a>
          </li>
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            益辉兄
           </a>
          </li>
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            统计之都
           </a>
          </li>
          <li>
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            腾飞兄
           </a>
          </li>
          <li>
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            落园女
           </a>
          </li>
         </ul>
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          <li class="recentcomments">
           <span class="comment-author-link">
            andy
           </span>
           发表在《
           <a href="http://blog.cos.name/taiyun/2011/04/20/ebimage-package-and-academic-model-lena/#comment-5859">
            EBImage包以及学术模特Lena的八卦
           </a>
           》
          </li>
          <li class="recentcomments">
           <span class="comment-author-link">
            兰天竹
           </span>
           发表在《
           <a href="http://blog.cos.name/taiyun/comments/#comment-5452">
            留言
           </a>
           》
          </li>
          <li class="recentcomments">
           <span class="comment-author-link">
            <a class="url" href="http://yanping.me" rel="external nofollow">
             ypchen
            </a>
           </span>
           发表在《
           <a href="http://blog.cos.name/taiyun/2012/03/03/today/#comment-759">
            今日流水账
           </a>
           》
          </li>
          <li class="recentcomments">
           <span class="comment-author-link">
            taiyun
           </span>
           发表在《
           <a href="http://blog.cos.name/taiyun/comments/#comment-758">
            留言
           </a>
           》
          </li>
          <li class="recentcomments">
           <span class="comment-author-link">
            taiyun
           </span>
           发表在《
           <a href="http://blog.cos.name/taiyun/cv/#comment-757">
            简历
           </a>
           》
          </li>
         </ul>
        </div>
       </aside>
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         <h3 class="dbx-handle plain">
          标签飘云
         </h3>
         <div class="tagcloud">
          <a class="tag-link-13 tag-link-position-1" href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/14%e8%bf%9e%e5%8f%b7/" style="font-size: 8pt;" title="1个话题">
           14连号
          </a>
          <a class="tag-link-14 tag-link-position-2" href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/animation/" style="font-size: 10.571428571429pt;" title="2个话题">
           animation
          </a>
          <a class="tag-link-15 tag-link-position-3" href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/buffon/" style="font-size: 8pt;" title="1个话题">
           buffon
          </a>
          <a class="tag-link-16 tag-link-position-4" href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/cairo/" style="font-size: 8pt;" title="1个话题">
           Cairo
          </a>
          <a class="tag-link-17 tag-link-position-5" href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/ci/" style="font-size: 8pt;" title="1个话题">
           CI
          </a>
          <a class="tag-link-18 tag-link-position-6" href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/corrplot/" style="font-size: 13.714285714286pt;" title="4个话题">
           corrplot
          </a>
          <a class="tag-link-19 tag-link-position-7" href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/cos/" style="font-size: 12.285714285714pt;" title="3个话题">
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          <a class="tag-link-20 tag-link-position-8" href="http://blog.cos.name/taiyun/tag/cran/" style="font-size: 12.285714285714pt;" title="3个话题">
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           fastgreedy.community()
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          </a>
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           丘成桐
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